conteo celular

Procedimiento usando la cámara de Neubauer, la imagen digital y el procesamiento con ImageJ

1. Capturar la imagen de al menos 5 campos de la cámara de Neubauer (yo uso una Boekel+Co, Hamburg).
2. Alinear y recortar la cuadrícula de 4x4 cuadros: cada cuadro tiene 0.0025 mm2, por lo tanto 0.005 mm (50 um) por lado
3. Guardar la imagen.
4. Abrir la imagen en ImageJ (ver. 1.42q, Wayne Rasband, NIH, USA)
5. Ajustar la escala de medida. Primero usar la herramienta de trazo de línea recta siguiendo la longitud de uno de los cuadros del campo en la imagen y luego calibrar: Menú Analyze-Set Scale; aparece un dialog en el cual hay que anotar la distancia conocida (en imagen bmp de una foto con el objetivo de 40X, la línea es de aprox. 300 pixeles) en mm o en um, la longitud de un lado de cada cuadro es de 50 micrómetros, el el espacio se anota 50 y en unidad um (el programa lo lee como micrómetros).
6. Medir un par de objetos representativos. Con las herramientas de selección de forma (círculo o forma libre, según convenga) ajustar sobre la célula más pequeña, medir usando Ctrl-M o bien Analyze-Measure, y repetir el procedimiento con la célula más grande. En las opciones, ver el cuadro de resultados.
7. Ajustar el formato de la imagen. De ser posible ajustar brillo y contraste hasta convertirla casi en una imagen blanco y negro (no escala de grises) y cambiar el formato a 8 bits (Image-Type-8 bit)
8. Cambiar a formato binario: menú Process-Binary-Make binary
9. Con esta imagen, realzar los objetos a medir/contar usando los comandos Erode, Dilate, Open, Close.
Erode: borra pixeles aislados
Dilate: aumenta pixeles a grupos consistentes de pixeles
Close: cierra figuras con tendencia a ser figuras cerradas, no siempre funciona bien, sirve para rellenar espacios que con el contraste/brillo quedaron con huecos
Open: lo contrario de close, quita grupos de pixeles sospechosos
NOTA: hay que conocer muy bien las características de aquéllo que queremos contar/medir para distinguir en qué casos estamos perdiendo o ganando información. Estos comoandos deben usarse pocas veces, pues se pueden añadir pixeles inexistentes.
10. Contar y medir las células: Analyze-Analyze particles; aparece un dialog en el cual se indican el rango de valores del mínimo al máximo, por ejemplo para bacterias (una vez calibrada la escala de medida) se puede indicar de 1.5-10.0 (las unidades serán de área, en este caso um2). El rango de circularidad conviene que esté en 0.00-1.00, en Show es mejor elegir Outlines, para que tengamos al final una imagen con los contornos para sobreponer e indicar aquéllas células que fueron medidas. Yo selecciono todas las casillas, menos Add to Manager (no sé para qué sirve).

Los resultados pueden ser exportados a Excel o copiados o copiados. Las dos primeras columnas son las más útiles (Area y perimeter), las unidades son las que fueron especificadas en el paso de Set Scale.

ritmo circadiano del sistema inmune

Las defensas que muchos animales presentan frente a una invasión por patógenos depende de la acción coordinada de células especializadas y los anticuerpos producidos por varias de ellas que en su conjunto forman el sistema inmune. Entre las muchas respuestas de defensa, la fagocitosis de microorganismos y partículas extrañas ha sido la más estudiada desde su descubrimiento a mediados del siglo XIX, sin embargo sigue dando sorpresas.
Recientemente se publicó un estudio de la respuesta inmune en la mosca de la fruta Drosophila melanogaster frente a la invasión por bacterias patógenas. Anteriormente se sabía que para distintos patógenos, la mosca es capaz de montar una respuesta específica en cuanto al mecanismo de acción. Lo más sorprendente es que la especificidad también tiene que ver con la hora del día.
Los investigadores encontraron que para que los macrófagos de la mosca fueran capaces de fagocitar a la bacteria Streptococcus pneumoniae, era necesaria la presencia de una proteína relacionada con el ritmo circadiano, llamada "timeless" o TIM. La proteína TIM es más abundante durante las horas de oscuridad y disminuye en condiciones de iluminación constante.
¿Qué sucede en otros organismos? ¿También los humanos tenemos proteínas TIM y la regulación de la fagocitosis es similar? Aunque los autores no responden directamente a estas preguntas, deja mucho que pensar y nos da otra razón para cuidar nuestra salud simplemente respetando los ciclos naturales de exposición a la luz, ya sea natural o artificial.

Referencia
Stone, E. F. et al. The circadian clock protein Timeless regulates phagocytosis of bacteria in Drosophila. PLoS Pathog. 8, e1002445 (2012)

Una nota adicional sobre ritmos circadianos
Muchos procesos fisiológicos en los seres vivos presentan ciclos de actividad a lo largo de las distintas horas del día, y dependen de mecanismos adaptativos que tienen los organismos a condiciones ambientales que varían a lo largo del día y de los ciclos estacionales. La ciencia que estudia estos procesos temporales se llama cronobiología. La palabra circadiano proviene del latín y significa "alrededor del día".
Por otro lado, muchos dicen que los seres humanos están sometidos a variaciones periódicas de "energía" desde el momento del nacimiento hablando de "biorritmos". Esto no es más que la charlatanería típica de las pseudociencias como la astrología y las distintas mancias, que carecen de metodología rigurosa y evidencia experimental. Para leer más sobre los biorritmos y los huecos en sus argumentos recomiendo leer el artículo de Wikipedia.

Felipus habilis

Saber ver TV

Es hora de Hacer Patria, para lo cual varios han propuesto un número de acciones o inacciones que buscan debilitar al sistema opresor que ha mantenido dormida e indiferente a la mayoría de la gente. Las últimas semanas muchos han pugnado porque dejemos de ver los canales de las dos compañías duopólicas. Las razones pudieran ser más que evidentes, pero a muchos no les queda claro que en el caso de México, Televisa y TV Azteca tienen como único objetivo vender cada vez más, aprovecharse de la pasividad de los consumidores sin criterio obteniendo ganancias obscenamente elevadas, sin dar nada a cambio. El daño que las televisoras comerciales han causado a lo largo de los años ha ocurrido a muchos niveles, desde exhibir programas con un mínimo de calidad y con nulo contenido, que mantienen alienados a sus televidentes. Pero lo peor que han hecho es dirigir la opinión pública para justificar los abusos de poder de los grupos que lo detentan a lo largo y ancho del territorio nacional. Muchísima gente sigue creyéndose informada manteniendo sus sentidos en los noticiarios de las dos cadenas, pero que no resisten el análisis crítico más benevolente que se pueda dar. Los llamados "líderes de opinión" (Loret de Mola, Sarmiento, López Dóriga, Javier Alatorre, etc.) utilizan todas las artimañas para implantar las ideas de un grupo reducido y privilegiado, además de ridiculizar o criminalizar toda expresión disidente.

Lamentablemente, si uno busca refugio en los canales de paga, se encuentra con el mismo tipo de productos. ¿Qué hacer entonces? Lo mejor y más importante es tener un criterio y juzgar lo que nos presentan. Para lograrlo, la mejor manera es leer, buscar información en distintas fuentes y comentar con gente que pueda saber más que nosotros.